الباب الثاني: أثر تطبيق المنهج الجديد في مسائل العقيدة ونقدها. فيه مدخل وثلاثة فصول: الفصل الأول: أثره في مسائل الألوهية. الفصل الثاني: أثره في مجال النبوات. الفصل الثالث: أثره في مسائل الغيب.