وخلّف مهدي على آثارًا عديدة منها: ١ - آيات بينات (الآيات البينات) كتبه في تأييد المذهب السني وردًّا على المذهب الشيعي الاثنا عشري، فأثبت فيه بطلان المذهب الاثنا عشري بأدلة قاطعة من الكتاب والسنة والعقل ^١. ٢ - مضامين تهذيب الأخلاق وهو عبارة عن موضوعات كتبها لمجلة "تهذيب الأخلاق"، قد جمعها ورتبها الشيخ ملك فضل الدين ^٢. ٣ - وكتاب "تقليد وعمل بالحديث": ألفه تأييدًا في التمسك بالمنهج السني في العمل بالحديث الصحيح الثابت بعد التثبت والتحقيق. ٤ - كتاب "المحبة والشوق" كتبها في بداية أمره. ٥ - كتاب "مسلمانون كي تهذيب" (ثقافة المسلمين) ^٣. ومن أهم الموضوعات التي تكلم فيها مهدي علي: ١ - التعريف بالإسلام. ٢ - التفسير بالرأي. ٣ - والعمل بالحديث. ٤ - تطبيق المعقول بالمنقول. ٥ - تحريف ألفاظ المصطلحات العلمية. ٦ - حقيقة الإجماع. ٧ - المؤاكلة مع أهل الكتاب وطعامهم. ٨ - الدين والعلم الجديد- الطبيعة والفطرة والإسلام. ومن خلال هذه الكتب والموضوعات يمكن تحديد منهجه.

---